Os recursos hídricos na região são bastante abundantes. Relativamente aos
cursos de água perenes, a região apresenta uma rede de drenagem muito bem definida, com principal destaque para os rios Douro, Côa e Sabor. A navegabilidade fluvial está limitada ao rio Douro e a pequenas extensões próximas da foz dos rios Côa e Sabor. Existem numerosas nascentes de águas termais, três das quais estão a ser exploradas como estâncias termais.
A região possui um grande número de albufeiras, com origem na construção de barragens, sejam elas para produção de energia eléctrica ou de abastecimento e rega, algumas das quais podem ser aproveitadas para outros fins, como áreas de lazer e recreio.